Kabuto se présente sous l'apparence d'un jeune homme de 19 ans aux cheveux gris. Il a été adopté et élevé par le chef ninja médecin de Konoha, mais il a trahi le village. C'est un espion à la solde d'Orochimaru et son fidèle bras droit. Sa première apparition dans la série remonte à l'examen chūnin, dont il se retire à la dernière épreuve, pour préserver sa couverture. Il n'y a participé que pour récupérer des informations (il y a participé 6 fois mais on ne sait pas qui il espionnait lors de ces 6 fois) sur l'équipe de Naruto Uzumaki et surtout sur Sasuke Uchiwa, dont Orochimaru veut faire son prochain hôte. Son maître le dit du même niveau que Kakashi Hatake, à qui il révèle son identité.
Auparavant, Kabuto était l'homme de main de Sasori qui l'avait envoûté avec un puissant jutsu. Lors du départ d'Orochimaru de l'organisation Akatsuki, Sasori envoya Kabuto comme agent double chez Orochimaru mais celui-ci libéra Kabuto de l'emprise de son ex-camarade.
Lorsqu'Orochimaru envoie les 4 ninjas du Son chercher Sasuke, Kabuto apprendra certains détails concernant l'Akatsuki. Réalisant le temps que prend Sasuke à revenir, il amènera Kimimaro à effectuer un dernier sacrifice pour son maître. De façon très subtile, il l'enverra combattre une dernière fois pour aider Orochimaru à récupérer son futur hôte.
Dans la seconde partie, Kabuto réapparaît lorsque Yamato se déguise en Hiruko (la marionnette principale de Sasori). Sous prétexte de lui donner des informations, il le rencontre sur le Pont du Monde, et Orochimaru engage le combat. Kabuto évite de se battre directement, et va même jusqu'à guérir Sakura (à distance, ce qui n'avait jamais été vu auparavant). Il immobilise Sai en le croyant menaçant, mais va ensuite repartir avec lui et Orochimaru pour retourner à leur base d'opération. Kabuto utilise ses techniques pour ralentir leurs ennemis, en leur faisant croire qu'il a tué Sai.
Sai va cependant révéler qui il est vraiment en capturant Kabuto lorsque son équipe commence l'infiltration de la base. Il sera vraisemblablement sauvé par Orochimaru avant qu'ils aillent chercher Sasuke pour repartir dans une autre cachette. On ne sait pas donc la vraie personalité de kabuto , que cherche t'il auprès d'orochimaru Car a travers les episodes on peut s'apercevoir que kabuto est bien plus malin qu'orochimaru.